Kao i u prijašnjim razdobljima, obnova infrastrukture prioritet je i jedan od važnijih segmenata života i razvitka Poliklinike.
Početkom lipnja 2001. u iznajmljenim prostorima Poliklinike počeo je rad Hitne stomatološke službe Grada Zagreba, kao jedne od triju lokacija u kojoj se odvija ta služba.
U srpnju iste godine, nakon niza godina, uveden je cjelovit klimatizacijski sustav unutar ustanove, olakšavši za vrućih dana boravak našim pacijentima i rad djelatnicima Poliklinike.
Za potrebe ortodontskog odjela uređen je odgovarajući prostor "modeloteka" s montažnim ormarima - policama u koje su smješteni modeli.
Početkom ljeta 2002. završena je obnova pročelja zgrade. Riječ je zapravo o zdanju koje spada u prioritete gradnje i uređenja zdravstvenih objekata, ponajprije zato jer je zgrada pod zaštitom Gradskog zavoda za zaštitu spomenika kulture. Dovršenjem pročelja mi smo izrazito ponosni, a investitor je bio Grad Zagreb.
U 2002. krenuli smo u realizaciju više značajnih tehnoloških projekata, od kojih je nesporno najvažnija informatizacija cijele ustanove, te umreženje cijele zgrade (kabliranje), a krajem 2002., nabavkom kompletne računalne opreme stekli uvjete i za završnu fazu, a to je edukacija medicinskih i nemedicinskih djelatnika Poliklinike.
Iste godine u zgradi su obavljeni vrlo zahtjevni građevinski radovi, i to: adaptacija prostora centralne sterilizacije, obnova najvećeg dijela odvodne mreže, te hidroizolacija podrumsko-suterenskog prostora.
Sredstvima dobivenim od države – decentralizirana sredstva, opremili smo četiri ambulante s novom stomatološkom opremom.
Iz potkrovlja u prizemlje Poliklinike preseljena je blagajna, čime je i ona prilagođena dvosmjenskom radu. Početkom 2003. krenuli smo u projekt koji nas je doveo do primjene sustava upravljanja kvalitetom prema međunarodnoj normi ISO 9001:2000.
U travnju 2003. godine Poliklinika dobiva službeni naziv Stomatološka poliklinika Zagreb.
S projektom prijenosa audio i video signala krenulo se 2003. godine. Cilj tog projekta je mogućnost uspostave videokonferencijske veze s prijenosom računalnih podataka te audio–vizualnih signala unutar Poliklinike s lokalnim i udaljenim središtima.
Obnova zubotehničkog laboratorija s novom opremom: zubotehničkim stolovima s novim mikromotorima i odgovarajućom rasvjetom radnih mjesta, učinjena je također 2003. godine.
U svibnju 2003. obavljena je rekonstrukcija plinifikacije na svim odjelima, osim zubotehničkog laboratorija.
U rujnu 2003. godine adaptirane su prostorije odjela za ortodonciju u prizemlju Poliklinike.
Obnovljena je infrastruktura tj. vodovodno odvodne, električne instalacije, izvršeni podopolagački i soboslikarski radovi te obnovljene telefonske instalacije. Prostori ordinacija novoinstaliranim rasvjetnim tijelima sada su osvijetljeni sa cca 1.000 luxa.
U listopadu 2004. godine otvoreni su rekonstruirani i obnovljeni odjeli za stomatološku protetiku i oralnu kirurgiju, sa istim infrastrukturnim radovima kao i godinu dana ranije na odjelu ortodoncije. Postojeće dvije ambulante odjela oralne kirurgije sa stacionarom preadaptirane su i tehnički osuvremenjene.
Na sličan način kao Odjeli ortodoncije, stomatološke protetike i kirurgije, 2005. godine obnovljen je Odjel za dentalnu i oralnu patplogiju sa parodontologijom.
Kompletnom obnovom rtg-kabineta u listopadu 2006. godine, završena je obnova svih odjela u Stomatološkoj poliklinici Zagreb, pružajući djelatnicima i pacijentima veću udobnost rada i veće mogućnosti pružanja zdravstvene zaštite.

Tijekom 2008. i 2009. godine obnovljene su sve stomatološke jedinice na Odjelu ortodoncije. U tijeku je obnova stomatoloških jedinica na ostalim Odjelima. Nabavkom još 12 stomatoloških jedinica tijekom 2011. i 2012. godine bit će zamijenjene sve stomatološke jedinice na svim Odjelima Stomatološke poliklinike Zagreb.

U travnju 2007. godine ugledna certifikacijska tvrtka Det Norske Veritas izdavanjem međunarodno valjanog certifikata potvrdila je učinkovitu primjenu sustava upravljanja kvalitetom prema normi ISO 9001:2000.
Stomatološka poliklinika Zagreb certificirana je 2. travnja 2007., čime je potvrđeno da udovoljava svim zahtjevima međunarodne i hrvatske norme HRN EN ISO 9001:2002. Svake godine provode se interni auditi kao i periodični nadzorni auditi od strane ovlaštene certifikacijske tvrtke Det Norske Veritas.

Obzirom na trogodišnji certifikacijski ciklus, recertifikacija će se provesti sljedeće, 2010. godine, dok je za ovogodišnji periodični nadzorni audit najavljen za 5. ožujka značajno da će se provesti sukladno novom izdanju norme ISO 9001:2008, objavljenom 15. studenog 2008.